Không chỉ phải đối mặt với tình trạng căng thẳng của dịch tay chân miệng khi đã xuất hiện trường hợp tử vong, nhiều ca nặng ở các địa phương phải chuyển về tuyến cuối và nguy cơ dịch chồng dịch, TP.HCM còn phải đối mặt với nguy cơ thiếu thuốc điều trị. Hiện các loại thuốc Immunoglobulin, Pentaglobin (chế phẩm từ huyết tương) và Phenobarbital đang khan hiếm nên việc điều trị gặp nhiều khó khăn.