לאחר שהגמרא מבררת את שורש המחלוקת בין רבי אליעזר לחכמים בעניין כוי, רב פפא מסביר באיזה סוג של כוי הם חולקים בנוגע לאיסור שחיטת "אותו ואת בנו" ביום אחד ובנוגע למתן מתנות כהונה. הוא גם מסביר שהמשנה הקובעת כי אין שוחטים כוי ביום טוב – משום הספק אם יש צורך בכיסוי הדם – משקפת את שיטת חכמים. בהמשך מובאות שלוש שיטות נוספות לגבי הגדרת הכוי עצמו.
הגמרא מציינת שהמשנה אינה מתאימה לשיטת רבי שמעון, הסובר שכל שחיטה שאינה ראויה לאכילה – ובכלל זה שחיטת קדשים בכלל מאחר שאינה מתירה את הבשר עד שזורקים את הדם – אינה נחשבת שחיטה ("שחיטה שאינה ראויה לא שמה שחיטה"). לפיכך, לשיטתו, השוחט בהמה במקדש ואת בנה ביום אחד אינו עובר על האיסור של "אותו ואת בנו לא תשחטו ביום אחד".
הגמרא מקשה מדוע המשנה אינה מזכירה שהשוחט בעזרה בהמה "מחוסרת זמן" (בגלל ששחטו את אמו כבר היום) לוקה משום ששחט בהמה לא ראויה במקדש, ומביאה לכך שני תירוצים.