Chương trình Phượng Hoàng là một trong những dấu mốc nhơ bẩn nhất trong lịch sử tồn tại của CIA. Có ý kiến còn cho rằng, chương trình này gây mất lòng dân chúng hơn bất kỳ hành động nào khác của quân đội viễn chinh Mỹ và chính quyền Sài Gòn trong thời kỳ chiến tranh Việt Nam.