Trong số các con trai của Nguyễn Hoàng, người con đầu là Hà, thứ hai là Hán, thứ ba là Thành, thứ tư là Diễn đều mất sớm; người con thứ năm là Hải thì phải gửi lại đất Bắc làm con tin, chỉ còn một mình Nguyễn Phúc Nguyên là có đủ khả năng và điều kiện kế nghiệp cha. Tuổi nhỏ Nguyễn Phúc Nguyên tỏ ra thông minh, tài trí hơn người. Lớn lên ông càng bộc lộ tài năng kiệt xuất “ngày thường cùng các tướng bàn luận việc binh, tính toán có nhiều việc đúng. Thái Tổ biết có thể trao phó nghiệp lớn, vẫn để ý tới”. Nguyễn Phúc Nguyên đã không phụ lòng tin của cha, thực hiện đầy đủ và trọn vẹn tat cả những gì mà người cha- chúa Nguyễn Hoàng trông đợi và uỷ thác.

Xây dựng một vương triều độc lập, thoát ly hẳn sự lệ thuộc với triều đình vua Lê chúa Trịnh

Đây là mục tiêu số một của Nguyễn Hoàng khi quyết định vào Nam dựng nghiệp. Tuy nhiên do điều kiện và hoàn cảnh lúc đó, ông phải hết sức kín đáo để tránh mọi sự hoài nghi của chúa Trịnh. Trên danh nghĩa và cả trong thực tế, Nguyễn Hoàng vẫn phải giữ quan hệ lệ thuộc với chính quyền Lê- Trịnh, vẫn làm tướng tiên phong của Nam Triều đi đánh dẹp các dư đảng của nhà Mạc ở Sơn Nam, Hải Dương, Sơn Tây, Thái Nguyên… Cuối năm 1600, sau khi quyết định trở về ở hẳn Thuận Hoá, đẩy mạnh xây dựng chính quyền độc lập và không nghĩ đến việc quay trở về yết kiến vua Lê nữa, Nguyễn Hoàng vẫn phải giữ quan hệ hoà hiếu với chính quyền Lê- Trịnh, hàng năm vẫn phải nộp thuế má và xin kết nghĩa thông gia với Trịnh Tùng.