Az Alexandria nem érkezett meg a HIP 30944 rendszerbe a tervezett időpontban, és valószínűleg a Thargoidok hiperhajtóművét követte.  

Az Aegis tulajdonában lévő megahajó thargoid hajók támadását váltotta ki, amikor május 20-án a Delphi-rendszerből a HIP 16538-ra ugrott. Az Aegis úgy véli, hogy ezt a rakterében lévő nagy mennyiségű Guardian-lelet okozta. 

A további áldozatok kockázatának csökkentése érdekében az Alexandria a HIP 30944 rendszerben egy alacsony népességű börtönkolónia felé vette az irányt. Minden független hajót lecsatlakoztattak, mielőtt június 3-án megkezdte a hipertérugrást.  

A megahajó azonban soha nem érte el a kilépési pontot, és minden kommunikáció megszűnt vele. A helyi rendszerekben lévő keresőcsapatok nem észlelték a jelenlétét.  

Aden Tanner admirális, az Aegis katonai fő összekötője tájékoztatta a médiát:  "Sajnálattal jelentjük be, hogy teljesen megszakadt a kapcsolat az Alexandriával. Bár nincs bizonyíték sérülésre vagy megsemmisülésre, a hipertérben való eltűnése felveti annak lehetőségét, hogy útközben thargoid erők fogták el."  

"Jacob Morales kapitányt és a legénység több mint négyezer tagját eltűntként, feltételezett halottként tartjuk nyilván. E nagy tragédia mellett az Aegis guardian technológiával kapcsolatos kutatási programját is súlyosan érintette számos értékes műtárgy elvesztése."