Viene scelto un nuovo pilota di Eva, ma nessuno lo dice a Shinji! E poi: rapporti tra i personaggi che si spezzano e unità Eva che scompaiono in una coppia di episodi che cambiano completamente le carte in tavola. L'analisi di Neon Genesis Evangelion continua con gli episodi 17 e 18, "Il quarto soggetto qualificato" e "Selezione di vita".