Badai Sepanjang Malam menceritakan tentang seorang guru muda dari kota yang ingin mengabdi ke desa terpencil. Guru muda itu memiliki semangat yang menyala-nyala. Rencana itu disambut baik oleh sang istri, Saenah. Namun, situasi mulai berubah ketika Jamil, guru muda itu, merasa kesulitan berbaur dengan kehidupan dan lingkungan masyarakat di desa.