何承天就围绕《均善论》所提出的问题，和宗炳展开了争论。 他首先批驳了宗炳“人形至粗，人神实妙，以形从神，岂得齐终” 的说法。认为“形神相资，古人譬以薪火。薪弊火微，薪尽火灭。 有其妙，岂能独传”(《弘明集》卷3何承天《答宗居士书》)。并表示自己对因果报应的看法，说佛教徒“若唯取信天堂地狱之说，因缘不灭之验，抑情菲食，尽勤礼拜，庶几荫罗帐之盖，升弥镫之座，淳于生所以大谑也”(《答宗居士书》)。
何承天在他所著《达性论》里，又驳斥了佛教的轮回学说。 他认为“生必有死，形毙神散，犹春荣秋落，四时代换，奚有于更受形(更受人形)哉”(《弘明集》卷4)。这是说，人的生死，好比草木的枯荣，四季的更替，一旦身死神散，怎会转生来世呢？在《报应问》中，他说:“夫欲知日月之行，故假察于璇玑(古代观察天文的仪器)；将申幽冥之信，宜取符于见事。故鉴燧悬而水火降，雨宿离而风云作，斯皆远由近验，幽以显著者也。”他从研究自然科学的实践精神出发，批驳了因果报应说的荒唐无稽。他还以人所共知的自然现象为例，说:“夫鹅之为禽，浮清池，咀春草，众生蠢动，弗之犯也；而庖人执焉，鲜有得免刀俎者。燕翻翔求食，唯飞虫是甘；而人皆爱之，虽巢幕而不惧。”意思是说，鹅浮游于池塘，与人无争，而难免死于刀俎之下；燕以昆虫为食，却得到人们的爱护。“是知杀生者无恶报，为福者无善应。”他进一步诘问道:“若谓燕非虫不甘，故罪所不及；民食刍豢(家畜)，奚独婴辜(受罪)。”(《广弘明集》卷20)何承天以浅显生动的道理批判了因果报应说，丰富了当时的反佛教神学思想。
但是何承天还不敢彻底地否认鬼神。例如说:“昔人以鬼神为教，乃列于典经，布在方策。郑侨(子产)、吴札(季札)，亦以为然。”(《弘明集》卷4《重答颜光禄》)“明有礼乐，幽有鬼神，圣王所以为教，初不味其有也。”(《答宗居士书》)“余谓佛经但是假设权教，劝人为善耳。”(《报应问》)他虽然驳斥了佛教因果报应、轮转世之说，但对神道设教用以麻醉人民的根本思想，却仍然采取一种存而不论的态度。他同人家讨论神灭、神不灭问题的时候，又曾提道:“夫神魄惚怳，游魂为变，发扬凄怆，亦于何不之。” (《弘明集》卷4《答颜光禄》这也说明由于何承天和传统思想没有完全决裂，他的无神论学说，就无法前进一步了。
何承天围绕《均善论》与宗炳论战。他批驳神不灭，认为形神如薪火，薪尽火灭，神不能独传。又用鹅和燕子反驳因果报应：鹅不害人却死于刀俎，燕子捕虫却受人爱护，杀生无恶报，行善无善应。何承天写下《达性论》《报应问》，用自然常识拆穿轮回转世。但他仍不敢彻底否认鬼神，认为圣人以神道设教。这让他离真正的无神论还差一步。