เมื่อครั้งที่พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 4 ทรงผนวชอยู่ ได้เสด็จธุดงค์ไปยังหัวเมืองทางใต้ได้ผ่านและพบองค์พระปฐมเจดีย์ เมื่อพระองค์ขึ้นเถลิงถวัลยราชสมบัติ จึงมีพระราชดำริให้บูรณปฏิสังขรณ์พระปฐมเจดีย์ เรื่องราวทางประวัติศาสตร์ของพระปฐมเจดีย์มีขึ้นมาอย่างยาวนาน สอดคล้องกับประวัติศาสตร์ในยุคสมัยอาณาจักรทวารวดีอีกด้วย